Mor Çatı bugüne kadar 3 ayrı sığınak çalışması yürüttü. Bunlardan birincisi 1995-1998 yılları arasında gerçekleştirildi. Bu sığınak 350 kadın ve 250 çocuğu şiddetsiz bir yaşama adım atma olanağı sağladı. 2005 Ekim ayında Beyoğlu Kaymakamlığı Dünya Bankası'ndan aldığı kredi ile açacağı sığınağın Mor Çatı tarafından yürütülmesini önerdi. Bu işbirliği bir kamu kuruluşunun bir kadın örgütlenmesi tarafından yürütülecek sığınağa finansal destek sağlaması yönünden örnek bir uygulamaydı ve Başbakanlığın 2006/17 sayılı kadın ve çocuklara yönelik şiddete karşı mücadele genelgesine uygundu. Mor Çatı’nın dayanışma merkezi ve sosyal çalışmacı, psikolog, psikiyatr, avukat gibi gönüllüleri aracılığıyla destek verdiği bu çalışma 3 yıl sürdü. Aralık 2008’de Beyoğlu Kaymakamlığı kaynak bulamadığı gerekçesi ile bu çalışmayı durdurdu. Kadın örgütleri Meclis’e gidip milletvekillerini ve bakanları yasalara uygun davranmaya, bu konudaki sorumluluklarını yerine getirmeye çağırdılar. Mor Çatı Mart 2009’dan bu yana bağımsız sığınak faaliyetini Şişli Belediyesi, Avrupa Komisyonu Türkiye Delegasyonu gibi kuruluşlardan ve Mor Çatı dostlarından sağladığı destekle sürdürüyor.